安装¶
注解
Geoist项目还处于高速发展阶段，未完全定型.
我们欢迎收到您的反馈、意见和建议! 可以在简书回复留言 简书GEOIST手册 或者直接给我们发邮件(microg at cea-igp.ac.cn).
Python版本¶
GEOIST基于 Python 3.6 或更高版本 环境开发.
推荐使用 Anaconda
提供的Python环境，或确保可使用 conda 包管理器。
如果您要保持最新的软件更新，建议采用 GIT版本工具
GEOIST功能?¶
重力平差和模型计算
针对流动重力数据处理中与测量仪器和方法相关的不确定性，该模型引入贝叶斯优化方法，可以有效减小数据解算误差，估计参数的不确定性。
密度结构反演与成像
提供时变模型、三维密度结构模型的反演功能，特别是针对反演方程中的权参数选择问题，提供了优化方法。
弹性厚度反演
提供了导纳和相关系数联合反演方法，可以用于从重力异常估算岩石圈有效弹性厚度的方法。
位场异常计算和变换
提供了重力异常计算函数，地磁场化极，以及位场的空间解析延拓等功能。
地磁模型计算和分析
提供多种地磁模型解算程序，包括主磁场、岩石圈磁场、电离层磁场等。
地震目录分析
提供地震目录下载、管理、可视化、质量控制、平滑、除丛、震级转换等多种功能。
时间序列处理
提供时间序列数据预处理，去趋势、平滑、去尖峰、突跳等功能，还包括了异常自动检测的处理功能。
GEOIST的核心围绕地震行业的科研需求开展，采用社区型开发理念，欢迎大家贡献代码。
GEOIST的部分代码参考了其它开源项目，经过优化和修改，进行了重新集成，以便更适合于使用。
环境准备¶
在安装GEOIST之前, 您必须确保GEOIST所依赖的其它第三方软件包可用.这可以通过 conda 包管理器来查看.
我们推荐使用Anaconda提供的环境，可以省去一些主流的第三方包安装和配置麻烦.
您可以从国外的官方conda的下载地址安装包 conda-forge channel:
conda config --prepend channels conda-forge
对于一些国内可能存在的外网访问速度问题，我们也推荐使用国内镜象地址来安装第三方包:
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
另外，对于可能的兼容性问题，您可以在本地创建一个专用于GEOIST的虚拟环境
(这里假设虚拟环境名称为 geoist 当然您可以设置为任何您期望的名字):
conda create --name geoist python=3.6 pip numpy pandas xarray scipy numba h5py Cython matplotlib seaborn
激活创建好的Geoist的虚拟环境:
conda activate geoist
使用虚拟环境的好处是，安装GEOIST后不会影响您原系统的其它虚拟环境.
注解
理论上GEOIST具有跨平台能力，可以在Windows、Linux和macOS上运行. 但是可能存在一些数据文件格式，平台目录访问方法、多线程通信等方面的问题，如果您发现相关问题， 请在我们的项目网站反馈留言 creating an issue on Github.
安装GEOIST¶
安装Anaconda环境后，打开Anaconda Prompt，激活指定的虚拟环境,
使用 pip 命令可以从远程直接下载安装:
pip install git+https://github.com/igp-gravity/geoist.git
如果网络速度较慢可以先下载项目代码到本地，再使用 pip:
git clone https://github.com/igp-gravity/geoist.git
cd geoist
pip install .
如果安装成功，可以在python环境中，运行:
import geoist
如果一切顺利，就可以开始工作啦:)
另外，GEOIST也支持Docker安装方式，直接可以运行 docker pull 拉取命令:
docker pull registry.cn-beijing.aliyuncs.com/rular099/geoist:0.0.1
注解
Docker文件打包了Jupyter Notebook环境，文件大小约2G，暂时存放在阿里云.
示例程序¶
GEOIST提供了两种格式的示例程序.
在notebooks目录下，我们提供了适用于Jupyter Notebook使用的示例程序.
在examples目录下，我们提供了适合于Spyder使用的py源程序文件.
以上两个目录下的例子，可以确保您熟悉和掌握Geoist软件包的使用方法.掌握主要的函数接口调用方式.
本地工作目录¶
GEOIST软件在运行过程中，需要进行数据交换（远程和本地，内存和磁盘），因此需要本地路径暂存数据。 Geoist为方便管理，提供了统一的工作路径。用户只需要调用统一的命令就可以使用系统路径，不依赖于操作系统。 这样做的好处是避免程序中出现本地路径，给移植造成不必要的麻烦（因为你的代码copy给其他人，但是他的电脑上没有你的路径）。.
导入GEOIST后，会自动设置四个路径变量 USER_DATA_PATH, DATA_PATH, TEMP_PATH 和 EXAMPLES_PATH
您编写代码的时候，为保持程序的独立性，可以使用这四个路径作为文件读取地址，用法如下:
import geoist
print(geoist.USER_DATA_PATH)
print(geoist.TEMP_PATH)
print(geoist.DATA_PATH)
print(geoist.EXAMPLES_PATH)
数据获取功能¶
在地球物理数据处理和计算之前，通常需要获取远程的数据，可能是一个URL地址，或者Restful的API形式。 Geoist软件包在others的目录下提供了fetch_data.py程序，实现了这些功能（当然您也可以根据实际情况扩展它）。
API形式:一些API地址有时候不容易记忆，以USGS的地震目录为例，用户不必记住具体地址和参数，
通过usgs_catalog函数就可以实现了，下面代码usgsfile变量是下载后本地的存储文件名:
from geoist.others.fetch_data import usgs_catalog
usgsfile = 'usgsca.csv'
localpath2 = usgs_catalog(usgsfile, '1970-01-01', '2020-01-01', '15','55','70','135',minmag = '5')
print(localpath2)
URL形式:也可以是一个指定的URL地址，下面是从内网的服务器地址下载一个地震目录文件的方法。当然，任何支持下载的URL都可以复用该函数:
import geoist.others.fetch_data as data from geoist.others.fetch_data import _retrieve_file as downloadurl url = data.ispec_catalog_url print(url) filename = '2020-03-25CENC-M4.7.dat' localpath = downloadurl(url+filename, filename) print(localpath)
操作日志¶
Python提供了强大的日志功能，Geoist对其进行了二次封装。在安装Geoist软件后，会在本地的USER_DATA_PATH路径下， 会产生一个geoist.log的文本文件，里面会记录用户期望记录的日志内容。无论是您使用geoist，还是在geoist模块中， 当期望记录程序使用或模块被调用时的输出信息，都可以调用geoist的log函数实现，目前，该函数提供info，debug，error三种类别的日志。 方法如下:
import geoist
geoist.log.info('info message')
geoist.log.debug('debug message')
geoist.log.error('error message')